Bivirkninger av lokalt appliserte dermatologiske midler er i de aller fleste tilfeller beskjedne og ufarlige.
Enkelte legemidler og beredninger kan gi irritativ kontaktdermatitt, som f.eks. de fleste aknemidler. Vitamin D3-analoger kan gi lokalirritasjon og bør brukes med forsiktighet i intertriginøse områder eller i ansiktet.
Allergisk kontakteksem er en viktig bivirkning av lokalbehandling og kan skyldes både den aktive substans og andre innholdsstoffer som konserveringsmidler, lanolin, antimikrobielle midler osv. Ved mange hudsykdommer er hudbarrieren svekket med økt fare for absorpsjon og sensibilisering. Også glukokortikoidpreparater og fuktighetskremer kan gi kontaktallergi. Ved langtidsmedisinering av kroniske hudsykdommer som f.eks. psoriasis og atopisk eksem, kan enkelte behandlinger ha mulige mutagene og/eller karsinogene effekter. Dette gjelder særlig behandling med ultrafiolette stråler (PUVA), tjære (dårlig dokumentert) og cytostatika.
Glukokortikoider i ansiktet kan gi perioral dermatitt.
Systemisk absorpsjon av innholdsstoffer i midler brukt topikalt, er sjelden noe problem hos voksne. Barn har stor overflate i forhold til volum. Ved lokalbehandling av store hudflater der hudbarrieren er svekket hos barn kan absorpsjonen være betydelig. Glukokortikoider kan penetrere huden og gi systemiske effekter. Systemisk absorpsjon av salisylsyre smurt over store hudflater, spesielt hos barn, kan gi fatal forgiftning.
Epikutan lappetest kan foretas ved mistenkt allergisk kontakteksem.